BIOLOGI MOLEKULER DAN BIOINFOMARTIKA

Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang Biologi, Kesehatan, dan Konservasi yang sangat pesat menuntut para ilmuwan dan akademisi untuk memasuki kajian-kajian biologi di level genetic molecular dalam upaya menemukan berbagai jawaban atas permasalahan di dalam kehidupan. Buku ini menyajikan berbagai macam metode dan teknik yang dapat diaplikasikan sebagai langkah awal kajian biologi secara molecular mulai dari teknik-teknik laboratories dasar untuk mempelajari genetika molecular hingga teknik analisisnya. Bagian paling awal buku ini menjelaskan mengenai pentingnya penyiapan mental dan penguasaan teknik dasar laboratoris. Bagian berikutnya menyajikan berbagai metode dalam proses analisa DNA dan RNA mulai dari ekstraksi DNA maupun RNA murni, sintesis Gen target dan cDNA, hingga kloning gen. Bagian terakhir menyajikan berbagai metode Bioinformatika untuk identifikasi dan analisis suatu gen dengan fungsi tertentu, analisis filogenetik untuk identifikasi taksonomis maupun untuk keperluan konservasi melalui DNA Barcoding, serta analisis mutasi dan fungsi protein. Berbagai metode tersebut dideskripsikan dengan pendekatan praktis secara jelas, ringkas, dan padat untuk memudahkan para pembaca yang tertarik pada kajian biologi molekular. Buku sederhana ini diharapkan dapat menjadi media dan rujukan yang bisa membantu para peneliti maupun akademisi untuk mengikuti perkembangan ilmu pengetahuan dalam bidang-bidang yang berkaitan dengan biologi. Selain itu sajian teknik-teknik dasar genetika molecular diharapkan dapat menjadi rujukan untuk penelitian-penelitian di bidang ini.

Prakata------------------------------------------------------------------------------ v

Daftar Isi------------------------------------------------------------------------- vii

Daftar Gambar------------------------------------------------------------------- ix

Bab  1 Pendahuluan    -    1

Bab  2 Molecular Handling Techniques: Be 100%!!    -    3

Bab  3 Teknik Analisis Molekular: Genetik    -    9

Bab  4 DNA Based Analysis    -    15

1. Isolasi DNA Secara Sederhana    -    15
2. Isolasi DNA Sel Darah    -    17
3. Isolasi DNA Total Jaringan Hewan    -    18
4. Isolasi DNA Total Jaringan Tumbuhan    -    20
5. Isolasi DNA Bakteri    -    22
6. Pengukuran (Kuantitasi) Jumlah DNA    -    23
7. Polymerase Chain Reaction    -    25
8. Elektroforesis DNA/RNA    -    27
1. Gel Extraction    -    28
10. PCR Purification    -    30
11. Pemotongan DNA dengan Enzim Restriksi    -    31
50. Insersi DNA ke Dalam Vektor (DNA Rekombinan)    -    33
1000. Transformasi Bakteri    -    35

14. Seleksi Koloni Bakteri dan Rapid Insert Check    -    37
15. Isolasi Plasmid Construct    -    38
16. Sekuensing DNA    -    39
17. De Novo Sequencing    -    41

Bab  5 RNA Based Analysis    -    43

1. Isolasi RNA Total    -    43
2. Sintesis cDNA (RT-PCR)    -    46
3. Quantitative Polymerase Chain Reaction    -    48

Bab  6 Bioinformatics    -    55

1. Analisis Sekuen DNA    -    55
2. Analisis Filogenetik    -    62
3. Pemodelan Protein dan Perbandingan Struktur    -    67
4. Molecular Docking dan Interaksi Protein-Ligan    -    78

Daftar Pustaka    -    89

Glosarium    -    93

Indeks    -     95